Joogan filosofiset rakennelmat ovat peräisin kahdesta eri koulukunnasta.

Intialaiset preklassiset filosofiset Samkhya-koulukunnat ilmaisevat kaiken olevaisen koostuvan kahdesta prinsiipistä, Purushasta, hengestä eli puhtaasta tietoisuudesta ja Prakritista eli aineesta. Materialismi näkee hengen ainoastaan fyysisten aivojen tuotteena, mutta joogan mukaan sekä henki että aine ovat yhtä todellisia. Henki on ikuista, se edustaa maskuliinista energiaa (Shiva) ja tiedostaa aineen olemassaolon, mutta ei osallistu aktiivisesti universumin ilmennykseen. Aine taas on muuttuvaa ja rajallista, se edustaa feminiinistä energiaa (Shakti), josta ovat peräisin kaikki universumin muodot.

Joogan periaatteiden mukaan ihmisen todellinen, katoamaton olemus on henkeä. Ihmisessä asuvaa tiedostavaa henkeä kutsutaan Vedanta-koulukunnan mukaan Atmaniksi (yksilöllinen Itse, yksilösielu, monadi), joka on kuin pieni siru katoamattomasta, ikuisesta maailmansielusta Brahmanista (maailmankaikkeuden Itse, puhdas henki). Brahman on paitsi ikuinen henki, myös lakkaamaton, itsensä kautta olemassa oleva autuus eli Ananda, joka edustaa korkeimman onnellisuuden tilaa ja elämän tarkoitusta. Kaikki olennot elävät tämän autuuden ympäröiminä ja sulautuvat lopulta siihen. Tunne (sydän) ja ajatus (mieli) ovat sielun siivet, joilla sielu voi nousta noihin korkeuksiin. Joogan avulla ihminen voi yhdistää oman olemassaolonsa maailmankaikkeuden sieluun. Ihmisen fyysinen keho on mikrokosmos ja maailmankaikkeus on makrokosmos. Ihmisen kehossa vallitsevat siten samat kehityksen lainalaisuudet kuin universuminkin kehityksessä. 

Teoreettinen käsitys makro- ja mikrokosmoksen yhteydestä ei riitä, vaan se pitää kokea myös omakohtaisesti sisäisenä oivalluksena. Tietoisuuden harjoittamisen lähtökohta on mieli. Prosessi alkaa tietoisuuden kääntämisellä sisäänpäin pois ulkoisesta maailmasta kohti sisintä. Ihminen tulee siksi, mitä hän jatkuvasti ajattelee eli mieli ottaa kohteensa muodon.

Ihmisten kokemat kärsimykset syntyvät siitä, että he eivät tiedosta olevansa katoamattomia henkiä. Joogafilosofian mukaan aineellinen olemassaolo on rajoitettua eikä menestys siinävoi koskaan tyydyttää ihmisen sisäistä kaipuuta onnellisuuteen sekä ikuisuuteen. Aineen maailmassa elävä ihminen saa kuitenkin aina ajoittain spontaanistikin yhteyden henkeen ja voi siten kokea ainakin hetkellisesti onnen tai ykseyden tunteen. Monet kuitenkin virheellisesti uskovat, että onni tulee itsen ulkopuolelta. Joogaopetukset painottavat, että onnellisuus voi olla lähtöisin vain ihmisestä itsestään.